El otro día, con la chorrada de cambiar la palabra hipocresía por "la hipotenusa" empezamos mi chico y yo a cambiar la palabra por cualquiera que empezase por "hipo".
Dije yo "la hipoteca", y luego, "la hipótesis".
Y pensé, ummm, no creo que sea un prefijo "hipo" como el de "Hipotensión". Voy a buscar la etimología 
Hipoteca nos llega del latín 'hypotheca', que evidentemente viene a su vez del griego 'ὑποθήκη', 'hypothéke'. Significaba "compromiso".
En griego, esta palabra derivó desde 'hypotíthēmi', palabra compuesta por 'hypó', bajo y 'títhemi', poner, colocar. Es decir, que sí el el mismo prefijo que en "Hipotensión". Significa que te pones bajo algo, en este caso, un compromiso financiero.
Pero lo más gracioso es que la etimología de "hipótesis" es... La misma! Procede de la misma palabra en griego, compuesta por las mismas dos palabras. Sencillamente, dependiendo del contexto, te ponías bajo un compromiso financiero o ponías una proposición lógica bajo estudio! 
Otro día, más y mejor sobre el prefijo "hipo" 